路易斯对于自己否定自然发生论的思想始终确信不疑，为了获得明确的证据，他继续从事实验。

他为了新的实验，特地设计了一种玻璃烧瓶，那就是绰号“天鹅脖子”的曲颈瓶。这是一种玻璃圆球顶突出一个长管，管形如S字横写，管的先端有开口的烧瓶。

路易斯将易腐溶液倒入球形瓶中，将球形瓶顶端的瓶颈置于高热火焰中，然后把烧灼得通红的瓶头拉长成横写的S形，这样一来，短而略粗的瓶颈就变成细长弯曲的“天鹅脖子”了。接着他把曲颈瓶放在火上，煮沸其中的易腐溶液，这样溶液中微生物就全部死亡了。

煮的时候，水蒸气通过曲颈向外溢出。煮沸一段时间后，将曲颈瓶下的火移开，但不要移动曲颈瓶，让它自然冷却，不久，瓶外的空气反向瓶内徐徐流入，因为空气流动得很慢，所以当空气流经曲颈向下低弯的部分时，空气中的孢子和灰尘就沉降下来而附于管壁内。随后，空气继续流入瓶内，而和液面接触。

通过上面所说的这种程序处理过的任何易腐溶液，都决不腐败。如果想让它腐败，可以摇**曲颈瓶，或将瓶颈倾斜，使液面接触到落有孢子和灰尘的曲颈低弯部分也可以。

这是很简单却非常巧妙的实验。路易斯根据这个实验发表了如下的结论：“生物自然发生的事情是绝不会有的。如果生物是自然发生的话，那么不论在任何情况下，都该会发生。但是，容易腐败的溶液如果不接触到孢子，就不会腐败。只要是腐败现象，都是因微生物的活动使东西分解而发生的。不接触孢子就不腐败的现象，显示没有孢子就不会产生微生物。这就是说，微生物是由空气中的孢子生成的。任何生物，没有亲代就不能衍生。所以我可以断言，生物的自然发生说，绝对是错误的。”

普歇仍旧不服，他反驳说：“煮沸曲颈瓶溶液后，静止冷却时，反流入瓶内的空气中，你认为有孢子，而我认为空气中本就没有你所谓的孢子，你该怎么证明这个问题？”

这个疑问是合理的，怎样证明反流入瓶内的空气中一定有孢子存在呢？经过反复深入的思考，路易斯想到一个问题：“可能由于场地的不同，空气中所含的孢子或多、或少、或甚至没有。”于是他又开始做新的实验。

就像上一次的实验一样，他将酵母溶液倒入球形瓶中，再将顶端瓶颈置于高温火焰内灼红，然后往下拉成倒U字形，管口向下。接着把酵母溶液煮沸，当溶液仍在滚沸时，就用火熔封管口。路易斯像这样做了很多烧瓶，以备实验之用。

根据路易斯的理论，像这样封闭的酵母液，不论放置多久，应该不腐败的。事实证明，这些酵母液存放于阿尔布瓦他的家中，以后经数十年确实没有腐败。

如果将瓶颈锉开，由于瓶内几无空气（因煮沸之后，瓶内空气外溢），所以含有尘埃（孢子）的外界空气就急速流入瓶内。接着用高温火焰再封闭瓶口，将它放入恒温槽，保持在25℃～30℃之间，于是，进入瓶内的孢子发芽而使溶液腐败了。

路易斯带了备用的瓶子，到各种场地去实验，结果发现瓶内酵母液，有的会腐败，有的不会，确实是因地区而异。

他去往巴黎的天文台，选择了两个地方。一个地方是在贮放重要设备的地下室，打开了10瓶，只有1瓶腐败；一个地方是在庭院，打开11瓶，全都腐败了。

学校放暑假时，路易斯带了73瓶回故乡阿尔布瓦，实验了其中的20瓶，结果8瓶腐败了。

路易斯再去往沙兰，爬到海拔850米的山顶，打开了20瓶，腐败的仅5瓶。他想：“腐败的瓶数，此地比阿尔布瓦少了3瓶。可能是空气较阿尔布瓦的新鲜清洁，而孢子数量较少的缘故，越高的地方，孢子可能就越少。”

为了证明这项推论，他去往阿尔卑斯山。路易斯找了一头骡子背着装了30瓶酵母液的箱子，路易斯跟在骡子的后面，小心照顾着贵重的行李，往山上爬。到达阿尔卑斯山的大冰河后，路易斯花费了很多精力，小心处理了20瓶。结果，腐败的只有1瓶而已。

1860年11月，路易斯向科学院提出了如下报告：“我将迄今实验所得结果加以比较对照，确信浸出液中生物发生的原因，是空气中飘浮的灰尘。”

在路易斯旅行各地做实验的同一时期，普歇也去往意大利的西西里岛，在山上或海上做了实验。结果，普歇公布了如下结论：“含尘多的都市空气也好，极为清净的海上或山上的空气也好，都发生了生物。任何地方的空气，都同样地使生物自然发生。”

关注这一争论的人们，大多认为普歇的学说是正确的。例如，某报的科学栏写了如下的评论：“巴斯德先生，想必你所做的实验会反证你自己的学说。你所主张的事，想来是不可能有的。”

为了解决这一争论，经过两人的同意，法国科学院组成裁判委员会。1864年6月21日，两人到科学院做公开辩论。路易斯在委员会中，除了口头说明，并当场做实验。普歇只是在一边观察了路易斯的实验，提出一些反驳诘问而已，并没做实验。

结果，该委员会一致认为路易斯的学说正确，并颁奖给他。科学院的一位元老是生理学家，他当场宣布：“巴斯德先生的实验是决定性的，如果生物是自然发生的话，那么获得代生物的必要条件是什么呢？是空气和腐败性溶液。巴斯德先生证明了必须使空气和腐败性溶液在一起才会发生生物。所以，生物不是自然发生的，没有充分理解的人，才会继续怀疑巴斯德先生的实验。”

路易斯终于击破生物自然发生说，揭晓了“生物来自亲代的生物”的现象。

后来的科学家发现，普歇实验时所用的枯草浸出液中所含的枯草菌，耐热性很强，即使是用100℃高温烧煮，也不容易杀死。所以，普歇实验的结果，浸出液总是腐败，导致他得出了错误的结论。

路易斯“生物来自生物”的结论是说，种瓜得瓜，种豆得豆。人是生物，猴子也是生物，但人不会生猴子，猴子也不会生人。

但是，路易斯却没有解决一个问题：“世界上的第一个生物是怎样来的呢？”这也许就是路易斯的老师们不赞成他研究自然发生论的原因吧！